Hola José:

Las pruebas se realizan sobre los métodos públicos, de manera tal que, desde el lado de afuera, es indistinto si la excepción es lanzada por el método public void agregar(Auto auto, int numeroCochera) o por el método private Cochera getCochera(int numeroCochera) que es llamado por el método agregar. Que se use ese método privado es un detalle de implementación que no le importan a las pruebas, por lo que deben existir pruebas del lanzamiento de la excepción para ambos métodos públicos.

Saludos,

Tomás