Hola Mauricio:

Verificá lo siguiente:

1. El directorio src debe estar configurado como "Sources Root" (Click derecho sobre el directorio -> Mark directory as -> Sources Root)
2. El JDK debe estar configurado en el proyecto (File -> Project Structure -> solapa Dependencies)
3. Debe estar especificado el directorio de salida donde el compilador volcará los bytecode (File -> Project Structure -> Project -> en la parte de abajo donde dice "Project compiler output" creá un directorio llamado "out" en el directorio raíz de tu proyecto).

Estas configuraciones son válidas solamente para IntelliJ. En cualquier caso es recomendable revisar la documentación de cada IDE para la configuración de un proyecto.

Saludos,

Tomás